阿赖耶识，是具有微细分别的心识；而如来藏是众生的佛性，远离分别，不能与识混为一谈。对于识与如来藏的关系，觉囊派一位大德曾以大海为喻：如来藏相当于大海的本体，阿赖耶识是大海的底层，而其他心识则是上面的波涛。动荡的波涛，与相对平静的海底，其实都是以大海为本体。同样，所有心识的本体，就是如来藏。